一、合肥分院和四个研究所整合为合肥物质科学研究院

　　为建设完整创新体系，1998年,经党中央、国务院批准，中国科学院实施知识创新工程试点工作。根据中国科学院实施知识创新工程试点工作的总体部署，2000年下半年开始，合肥分院和四个研究所开始酝酿、讨论和制定合肥分院与四个所进行整合，成立中国科学院合肥研究院，整体进入中国科学院“二期创新工程试点”的创新方案。2001年5月11日中国科学院第六次院长办公会议审议并原则通过了这个方案。同年11月中国科学院批准合肥分院及安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所开始整合，合并成一个法人单位—-中国科学院合肥研究院（暂用名）。任命了谢纪康为院长、宋兆海为党委书记的合肥研究院领导班子。2001年12月19日，中科院合肥分院召开全体研究员及处以上干部大会，中国科学院人教局原局长余翔林宣布了合肥研究院领导班子成员名单，党组副书记郭传杰作了重要讲话。这标志着中国科学院合肥研究院新领导班子正式成立，各项工作正式启动（合肥智能机械研究所因当时中国科学院意将其作为科学院的改制单位，未同意其整合进入合肥研究院）。

　　2003年5月8日中央机构编制委员会办公室（中央编办复字[2003]49号）正式批复中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所合并为中国科学院合肥物质科学研究院。2003年6月17日中国科学院正式行文批准取消中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所四个法人单位资格，成立一个新的法人代表单位：中国科学院合肥物质科学研究院。2004年4月16日，中国科学院鉴于合肥智能机械研究所的学科方向已按院里的要求进行了调整，遂不再坚持将智能所改制的意见，批准同意智能所取消法人资格，归属合肥物质科学研究院。

　　中国科学院批准成立合肥物质科学研究院后，研究所成为研究院下属的非法人科研单位，合肥分院正式撤消，相关职能转交合肥物质科学研究院。

　　二、强磁场科学技术中心成立

　　2005年12月28日，由合肥物质科学研究院和中国科学技术大学联合共建，挂靠合肥研究院的非法人研究单元“合肥强磁场科学技术研究中心”成立。其主要职能是组织强磁场实验装置项目的建设及强磁场科学技术的研究。中心主任匡光力，副主任高秉钧、张裕恒、孙玉平、刘小宁、李晓光、周江宁。该中心成立后，开展了有关强磁场实验装置的调研、论证和先期预研工作，成功争取了“十一五”重大科技基础设施建设项目——稳态强磁场实验装置项目立项，并落户合肥研究院。

　　在此中心的基础上，2008年4月30日中国科学院批准成立中国科学院强磁场科学中心（非法人研究单元，批准给与120个事业编制，80个创新岗位），依托合肥物质科学研究院管理。2008年5月18日，中国科学院强磁场科学中心所承担的“十一五”重大科技基础设施建设项目——“稳态强磁场实验装置开工典礼暨中国科学院强磁场科学中心揭牌仪式”在科学岛举行，这标志着强磁场科学中心正式开工建设。强磁场科学中心的学科定位是：持续发展强磁场技术，建设国际先进的稳态强磁场实验设施，满足我国多学科研究对于强磁场实验条件的需要；开展强磁场条件下物理、化学、生物、材料等多学科领域的前沿探索；开展强磁场条件下新技术研究，促进相关技术的发明和应用。强磁场科学中心目标：面向强磁场科学技术发展的国际前沿，面向科学技术发展对强磁场的重大需求，力争经过五年的努力，建成具有国际先进水平的强磁场科学技术研究平台，形成一支精干的强磁场科学技术研究队伍，并拥有一批高水平的强磁场科研用户。力争经过十年的努力，建成国际知名的强磁场研究基地。

　　三、安徽循环经济技术工程院成立

　　2006年4月30日，安徽省机构编制委员会办公室皖编办[2006]101号文“关于同意成立安徽循环经济技术工程院的批复”批准成立安徽循环经济技术工程院。安徽循环经济技术工程院是贯彻中国科学院新时期发展战略，结合中部崛起战略和建设合肥科技创新型试点市的需要，依托中国科学院合肥物质科学研究院的科技资源优势，由中国科学院和安徽省人民政府合作共建的科技类事业单位。由安徽省科技厅和中科院合肥物质科学研究院联合组建，委托合肥研究院管理。成立安徽循环经济技术工程院旨在寻求知识经济与循环经济的发展价值链的有效结合点，探索中央驻皖科研机构和大学促进区域经济发展和科技创新的新途径，把在承担科研任务中形成的创新性应用成果和技术进一步加以开发，使之成为在循环经济经济产业链中有应用前景的核心技术，并结合产品的市场定位进行二次开发和集成。通过技术转移形成有核心技术和市场前景的高新技术产品，成为在技术开发前期将人才、技术、资金、市场和政策等各种要素结合的技术创新平台、高新技术产业孵化平台、创新创业人才聚集和培养平台以及安徽省企业的共用研发和实验平台。　　

　　四、先进制造技术研究所

　　先进制造技术研究所由合肥研究院和常州市政府共建，于2010年3月9日正式成立。先进制造所是以常州机械电子工程研究所为基础，与原智能所智能车辆技术中心和常州现代设计与制造中心合并而成的。学科方向为：机器人与智能装备。该所建立的机器人、智能车辆、数字化设计与制造公共技术研发平台，为装备制造业的自主创新提供技术支撑。 　　

　　五、医学物理中心

　　医学物理中心是合肥研究院先进医学物理技术研究相关学科团队组建形成，以高端物理技术向医学应用转化研究为主的创新科研机构。中心正式成立的时间是2010年5月13日。主要学科方向为：*放疗、质谱检测、分子病理、核磁成像、等离子体医疗、激光医疗、生物电子、运动健康等。自主研制的质子转移反应质谱呼气检测仪等，将高端物理技术向医学应用转化研究，并取得了一系列具有国际水平的科研成绩。 　　

　　六、技术生物与农业工程研究所

　　技术生物与农业工程研究所于2010年5月13日成立，前身系等离子体所离子束生物工程学研究室。主要学科方向是：植物遗传工程、辐照技术与辐照物理、微生物过程、辐射与环境毒理、材料与环境工程等。该所低能离子与植物、微生物相互作用的机理和应用技术、环境低剂量暴露危害性评价等方向的研究，成为国内研究理化因子与生物体相互作用重要科研机构。 　　

　　七、核能安全技术研究所

　　中国科学院核能安全技术研究所成立于2011年9月28日，是合肥研究院和中国科学技术大学联合支持建设的创新型研究所，同时也是中国科学院中子输运理论与辐射安全重点实验室的依托单位。研究方向有：中子物理与临界安全、核材料与设备安全、核热工与事故、核系统运行与控制安全、辐射防护与环境影响、核能软件与仿真、可靠性与概率安全、核技术应用、核能化学安全、核应急与核文化。在聚变堆新概念、先进裂变堆技术、核能软件研发和核技术应用等方面取得了一系列具有***水平的原创性科研成果。 　　

　　八、合肥技术创新工程院

　　为推进合肥研究院高新技术的产业化发展，结合合肥市创新驱动发展的迫切需求，双方分别委托合肥市国有资产控股有限公司、合肥中科研究院资产管理有限公司共同投资成立了中科院(合肥)技术创新工程院有限公司（合肥技术创新工程院）。该院成立于2014年6月25日。创新院主要致力于推动工程技术的集成研发、中试和技术转移，促进高技术成果产业化，培养产业技术创新人才。目前已与多家单位、数十个项目组建立了合作关系，在微波节能灯、一体化直流充电桩等方面进行了工程化、产业化研发，为区域发展创造了更多的经济效益和社会效益。　　

　　九、应用技术研究所

　　应用技术研究所是合肥研究院在中科院新时期确定的“三个面向”，并开始实施“率先行动计划”背景下，为发展战略新兴产业，促进合肥研究院科技成果转化，服务地方经济发展，通过整合合肥研究院下设九大科研单元中现有优势产业方向，并结合安徽循环经济技术工程院技术转移创新服务平台组建而成的创新研究单元。该所正式成立时间为2014年12月29日。主要研究方向是先进材料技术、智能控制技术、光电子技术、新能源技术、生物技术等应用技术。通过聚焦相关领域核心技术，依托专业特色学科，研发具有重要应用前景的新型产业技术，凝聚国内外优秀人才，成为完整的应用技术创新平台。